Εκτός από βάση πεζοναυτών, το Γκουαντανάμο χρησιμοποιήθηκε στο παρελθόν ως κέντρο παραμονής προσφύγων από την Κούβα και την Αϊτή. Επιχειρήθηκε μάλιστα η μετατροπή του σε κέντρο κράτησης για πρόσφυγες - φορείς του AIDS, η απόφαση όμως κηρύχθηκε αντισυνταγματική το 1993. Η περιοχή ήρθε στην επικαιρότητα μετά την τρομοκρατική επίθεση της 11ης Σεπτεμβρίου 2001, όταν στην στρατιωτική βάση δημιουργήθηκε στρατόπεδο συγκέντρωσης για υπόπτους τρομοκρατίας.
Άνθρωποι που θεωρούνταν από τις αμερικανικές αρχές «μέλη των Ταλιμπάν ή της Αλ Κάιντα» από Αφγανιστάν, το Ιράκ και άλλες χώρες ήταν οι πρώτοι κρατούμενοι της φυλακής που λειτούργησε στις 11 Ιανουαρίου 2002. Στα 9 χρόνια που έχουν περάσει από τότε, έχουν γνωστοποιηθεί 7 θάνατοι και έχουν καταγραφεί πολλές μαρτυρίες για βασανισμούς, παράνομες κρατήσεις, φρικτές μεθόδους ανάκρισης και παραμονής και κατάφωρες καταπατήσεις των ανθρωπίνων δικαιωμάτων που έχουν ξεσηκώσει αντιδράσεις παγκοσμίως. Σήμερα βρίσκονται στις φυλακές 172 κρατούμενοι.
Όταν δημιουργήθηκε η φυλακή, η κυβέρνηση Μπους έκρινε ότι οι κρατούμενοι που έφθαναν εκεί θεωρούνταν «εχθρικοί μαχητές» και δεν δικαιούνταν προστασία υπό τη Συνθήκη της Γενεύης, παρά μόνο την ελάχιστη προστασία του άρθρου 3 της Συνθήκης. Δεν επιτρέπεται η εκδίκαση των υποθέσεων σε δικαστήρια των ΗΠΑ, επομένως οι περισσότεροι κρατούμενοι δικάζονται στο Γκουαντάναμο από στρατοδικεία ή παραμείνουν υπό κράτηση επ' αόριστον χωρίς να παραπεμφθούν σε δίκη. Τουλάχιστον 48 από τους 174 εναπομείναντες κρατούμενους πιστεύεται ότι θα συνεχίσουν να «κρατούνται επ' αόριστον».
Κρατούμενοι που έχουν απελευθερωθεί έχουν καταγγείλει το βασανισμό τους από τους φύλακες κατά τις ανακρίσεις και την παραμονή τους στο στρατόπεδο, ενώ οι απόπειρες αυτοκτονίας είναι συχνό φαινόμενο. Οι κρατούμενοι υποβάλλονται σε στέρηση ύπνου, παρατεταμένο περιορισμό, ηλεκτροσόκ, γυμνή έκθεση και εξευτελισμό, ακόμα και σε σεξουαλικά βασανιστήρια, κατά τα οποία γυναίκες δεσμοφύλακες χρησιμοποιούν τα γυναικεία τους θέλγητρα για να εκμαιεύσουν πληροφορίες και να ταπεινώσουν τους κρατούμενους.
Πρόσφατα στο Wikileaks εμφανίστηκαν εγχειρίδια που παρέχονταν στους φύλακες κατά την εκπαίδευσή τους, τα οποία περιλάμβαναν μελέτες για κινεζικά βασανιστήρια, με κεφάλαια όπως «Ημι-ασιτία», «Αξιοποίηση των πληγών», «Βρώμικο, μολυσμένο περιβάλλον», «Πώς να κάνετε το θύμα να εξαρτάται από τον ανακριτή» και «Αποδυνάμωση της ψυχικής και σωματικής ικανότητας αντίστασης». Όλα τα παραπάνω έχουν επανειλημμένα προκαλέσει διαμαρτυρίες και ενέργειες από οργανισμούς για τα ανθρώπινα δικαιώματα όπως η Διεθνής Αμνηστία, χωρίς ιδιαίτερα αποτελέσματα.
Τον Ιανουάριο του 2009, ο πρόεδρος των ΗΠΑ, Μπαράκ Ομπάμα διέταξε το κλείσιμο του Γκουαντάναμο μέσα σε ένα χρόνο, όπως είχε υποσχεθεί προεκλογικά. Οι κρατούμενοι θα μεταφέρονταν σε φυλακές στην πατρίδα τους, φυλακές τρίτων χωρών ή κρατητήρια άλλης αμερικανικής πολιτείας. Ωστόσο, το Μάιο του 2009, το σχέδιο για παύση της λειτουργίας της βάσης μέχρι τον Ιανουάριο του 2010 ακυρώθηκε μετά από εκθέσεις των μυστικών υπηρεσιών, σύμφωνα με τις οποίες πολλοί από τους απελευθερωμένους κρατούμενος επανεντάσσονταν σε τρομοκρατικές οργανώσεις.Οι προοπτικές για το κλείσιμο της στρατιωτικής βάσης πλέον είναι πολύ χαμηλές δεδομένης της πλειοψηφίας της αντιπολίτευσης στο Κογκρέσο, καθώς οι Ρεπουμπλικάνοι αντιτίθενται έντονα σε αυτή προασπίζοντας το υποτιθέμενο συμφέρον του αμερικανικού λαούhttp://tvxs.gr/.
